1995年6月21日、午前11時32分に黒帽＆サングラスの男が客室乗務員に向け工具を向けた。「尊師のため」と話し袋に入ったサリンとみられる液体を見せた。客室乗務員に指示を出し乗客の目と口をガムテープで塞いだ。また、犯人は爆弾らしき固形物も持っていた。午前11時58分、ハイジャック信号を発信。北海道警察機動隊に所属していた若狭さんが事件を知ったのは食事中。函館空港に警備本部が設置された。若狭さんは応援物資の運搬をしていたが、機内に突入することになった。
宮川キャスターは報道用ヘリで函館へ向かった。犯人は乗客を機体の後方へ集め、全ての窓を閉めさせた。犯人は燃料を補給し東京へ戻るように指示。伝言による交渉が続けられた。捜査員たちは給油作業を引き伸ばしつつ乗客名簿をチェック。若狭さんたちは函館空港に到着。機内で乗客が刺されたが手当され、命に別条はないという。北海道では強行突入の訓練を受けたことがない機動隊員が多く強行突入は決断できなかった。
午後8時59分、事件発生から9時間。犯人はテレビ局に電話。犯人はオウム信者だと決めつけたような報道がされたが、オウムとは名乗ってはいないという。乗客のうち身元が確認できなかったのは「コバヤシサブロウ」と名乗る1名のみ。犯人は単独犯でオウム信者でもないと思われ、日本の警察として初となるハイジャック機への突入が決断された。若狭さんは機内へ突入することになった。人命救助や爆弾処理を経験していたことで白羽の矢が立ったという。