ヒノキ造りの内湯はチェックインから翌朝までいつでも入浴することができる。十津川村では村内20以上ある温泉施設全てで源泉かけ流しを守っているのが特徴となっており、やまとやのお風呂もかけ流しとなっている。十津川温泉は無色透明で塩分を含んでいる。温度は43℃ほどでよく体が温まり、とても肌触りに良いお湯である。