総延長8キロにおよぶ石垣工事も急ピッチで進められた。工期はわずか9か月。石垣に使われた石を切り出したのは現在の岐阜県海津市の山中。石に穴を空け鉄の矢を打ち込み巨大な石を割る矢穴技法を使い石を切り出していた。現在の研究ではこの矢穴技法が日本に持ち込まれたのは秀吉の朝鮮出兵の際ではないかといわれている。それまで日本の建築物には全くみられなかった矢穴が朝鮮出兵以降、各地の城でみられるようになったという。