アジアとの協調関係を構築しようとする中、一貫して課題となってきたのが歴史認識を巡る問題だった。中でも小泉総理の靖国神社への参拝は大きな波紋を呼んだ。官房長官の福田官房長官は当時、有識者を集めて小泉政権の国家戦略に意見を求め、そこには五百旗頭さんも加わった。五百旗頭さんは、参拝するなら関係改善に努めてきた金大中大統領に信義を尽くすべき、大国は自分の国への友好ゆえに苦労している人に対してそれを評価する雅量がないといけないと主張していた。和田さんは、この時代に想定していたテーマは解決されていない、こういう方向で考えるべきだといって出したものは間違ってるとは今も思わないと話した。