「かつて琵琶湖周辺にいたナンじゃこりゃな哺乳類は?」という問題。正解は「アケボノゾウ」。アケボノゾウは約180万年前に琵琶湖周辺の湿原に生息していた。ゾウの骨は江戸時代にも見つかっていたが当時の人はゾウをみたことがなかったので「龍ではないか」と騒がれ、学者が報告書まで作った。琵琶湖には推移の変動や雨の影響で集落が湖に沈み、遺跡となった場所が78か所もある。注目の葛籠尾崎湖底遺跡を調べることになった。今から100年前、葛籠尾崎湖底遺跡で5000年ほど前の縄文土器が見つかった。縄文土器は完璧な状態で見つかった。これが琵琶湖最大の謎。神に土器を奉納した祭祀説や、集落ごと飲み込まれた水没説などがあるがまだわかっていない。見つかった場所は水深70mもあるため潜水調査が困難であまり調査がされていない。翌日、14名のスタッフたが集結し調査を開始。卓也は左心の水中カメラで水深70mを狙う。有輝は水深15mを潜って調査する。