慈恵病院がこうのとりのゆりかごを開設したのは蓮田理事長の父、先代の太二氏が理事長を務めていた2007年。ドイツで視察したベビークラッペを山行に開設を決めた。こうのとりのゆりかごは慈恵病院の申請を受けて熊本市が設置を許可し、運用が続けられている。子どもが預け入れられると病院は警察と熊本市児童相談所に連絡。警察は事件性がないかを確認し、児童相談所は身元を調査する。身元が判明すれば親の居住地の児童相談所に移され、判明しなければ熊本市の乳児園で過ごし養育の道を探る。専門部会は母親が匿名で預け入れることで子どもの出自が不明になってしまう問題をたびたび指摘しているが、慈恵病院は匿名性は必要と主張している。