保管されていた文章には今に続く問題の原点といえる議論が記録されていた。旧軍人は合祀の協力体制を築いた後、対象としてこなかった戦犯合祀に向けた検討を神社側に打診していた。極東国際軍事裁判で連合国側は侵略戦争を計画・遂行したA級戦犯として政府や軍の指導者ら28人を起訴、判決で7人に死刑が出された。一方、住人の殺害や捕虜の虐待など罪で裁かれたのがBC級戦犯。連合国による裁判がアジアの各地で裁かれ約1000人に死刑判決が言い渡された。1952年、日本が独立を回復したサンフランシスコ平和条約。5年後、美山ら戦争裁判そのものに疑問を呈し戦犯合祀につなげようとしていたことが明らかになった。示していたのはBC級戦犯を先に合祀する方針。捕虜虐待や住民殺害、個別の起訴内容を60以上に列挙。一つ一つを反証しようとしていた。そして裁判には事実認定上の誤りが多かったとして戦犯の無実を主張していた。この文章についても厚生労働省は同じ表題の公文書を保有していたと認めた。その上で合祀の決定は靖国神社が行うものであり旧厚生省はその決定に関与していないとしている。当時、戦犯をめぐっては国政の場でも釈放・復権を図る動きが進められていた。衆議院では戦犯の刑罰を免除する赦免を進めるよう政府に求める決議を可決。法律も改正され処刑された戦犯について遺族年金の支給対象となった。厚生省の引揚援護局はBC級戦犯の名簿を送り神社は346人を合祀した。国際社会に対しては戦争裁判を受諾した日本。国内では戦犯が靖国神社に神として合祀された。これが今に続く二重構造といえる状況の始まりだった。戦後の合祀体制を主導した美山は1つだけ保留したことがあった。1962年に厚生省を退官する前にA級戦犯の名簿だけは神社に送らなかった。