高尾山は山伏が修行する霊山としても崇められていた。山伏は木や岩などの自然物を崇拝し、山の中で修行する。厳しい修行を通じて潜在的な能力を引き出すと言われている。修行の最初は死ぬ儀式で、仮の葬式をあげることから始まる。胎内に見立てた山で修行することで再び「生」を得ると考えられている。富士山には胎内樹型という洞窟があり、安産を願う対象にされた。山伏の修行では滝行、回峰行、御護摩修行を行う。年に1度の火渡り祭は、願い事などを書いた板を燃やし燃えきった炭の上を裸足で渡る。無病息災を願い、自分の煩悩を焼き清めるとされる。