マチュピチュの居住エリアには家々が規則正しく配置されているが家の屋根は残っていない。家の壁から突き出した石の突起は屋根を固定するためのもの。屋根の材料にしたのはイネ科の植物。標高の高いこの場所では雲が湧きやすく雨をもたらす。遺跡の裏手に広がる山からは水が湧いている。雨季に降った雨のおかげで乾季でも山の水が枯れることはない。ここが聖地に選ばれた大きな理由の一つは水があったから。15世紀、人々は山から水を引き尾根伝いに水路を築いた。水の仕組みは居住エリアだけでなく隣に広がる段々畑にもつながっていた。太陽の光を効率よく取り込むため、階段状の畑の多くは急斜面に作られた。