岩井俊二は映画「スワロウテイル」は前作「FRIED DRAGON FISH」をベースに同じ世界観の中で作れないかと考えた。FRIED DRAGON FISHは深夜ドラマとして放送され劇場公開するなど独自の世界観で話題になった。主題歌を担当したのはCharaで「Sweet」。岩井俊二はCharaの楽曲は起用した理由には自身が面白いと思う歌手の曲を追いかけていた時にCharaに出会ったがライブを観に行ったこともあったと答えた。前作と同様に携わってほしいと、今度はスワロウテイルで役をやってもらおうと考えた。岩井俊二は小説「スワロウテイル」のあとがきに映画「スワロウテイル」の準備の取り掛かりつつその隙間でドラマを1本こなすつもりでシンプルな話を書いたが、これが映画になることになり、映画「スワロウテイル」は余儀なくされた。その構想から3年、岩井監督は「undo」や「PiCNiC」などを手掛けていた。Charaは「PiCNiC」の撮影に入り、猛暑の夏の2週間だったという。岩井俊二はグリコはCharaのために書いていたと答えた。映画「スワロウテイル」から時間があったというCharaはその理由に自分が妊娠をしたためと振り返ったが、体型がもとに戻ったタイミングで難なく撮影にも入れたという。
スワロウテイルの台本が仕上がったのは1995年10月。その頃映画スタッフは舞台となるロケーションを探すためにアジア各国を渡り歩いていた。そのロケーションを担当していた元スタッフの種田陽平は香港に監督もいいねと言っていたと語り、岩井俊二はちょうど時代の境目という発展の仕方をしていたと語った。しかしロケーションをしたのにも関わらず日本が舞台の作品だから日本でやろうという話になったという。また世界観はお金を求めて人々が集まるという世界観だったためにそうして作られる世界観の街並みを大切にしたという。種田は新浦安が当時の日本を表すかのような古いエリアに蓋をしたような場所で、アジアをロケーションしていた中で見ていたのは剥き出しの汚い部分で、貧乏だが生き生きしている人々と、近代未来のようなビル群が両立している場所が多く、日本の東京の中に残っているいかがわしいものをオープンに表に出すことになったと語った。この街にやってきた少女「アゲハ」の視点で物語は語られる。そのアゲハを演じた伊藤歩は当時中学生で主役に抜擢された。その経緯には岩井俊二の別の作品でオーディションを受けたが、その時は落ちてしまったが数年後に急に連絡が来て、映画を作るが出演してほしいとお願いされた。スワロウテイルは劇中で英語や中国語が飛び交う複雑な言語のやり取りがあったが、伊藤は英語の勉強の発音メインでやっていたという。伊藤はこの映画で良い大人たちに出会えたことが幸いだったと答えた。
Charaは1995年7月に長女を出産。その7ヶ月後にスワロウテイルのクランクインだった。子育てとの両立にCharaは自身の歌手名はしゃらっとしているという意味で切り替えが早い性格になぞらえたものだという。そのために映画と家庭の切り替えもできていたために体を壊すことはなかったという。しかし音楽が大変だったと答えた。