生命の設計図となるDNA。現代日本人は他の東アジア人に比べてその近縁性が薄く、縄文人は更に異なるため、アジアから独立した系統とされる。縄文時代は1万6000年前から3000年前まで。現代日本人の多くにも縄文人のDNAが残るが、その実態は今も不明。タイのパッタルンに住む狩猟採集民族のマニ族。肌の色が濃いことを特徴とする「オラン・アスリ（元来の人）」に当たる。アフリカ由来の「ホアビニアン」という文化を継承していて、縄文人に近いDNAも。ホモ・サピエンスが東南アジアに移るも、農耕民に支配された数万年前。その支配を逃れたうちの1つが縄文人とされる。