万博の会場で大量発生しているハエの一種「ユスリカ」は、噴水ショーなどが行われる海辺や大屋根リング周辺で大量に確認されている。伊東良孝万博担当大臣は「ユスリカ等対策本部を設置し更なる対策を検討している」、「感染症を媒介したり刺したりすることはない認識」などとコメントした。伊東大臣は虫が嫌うにおいや成分を使った薬剤など建物への侵入を防いでいると説明し、来場者の不安を解消したいと強調した。