1998年のワールドカップで、日本はアルゼンチンとクロアチアに敗れてグループステージで敗退した。ジャマイカ戦で、中山雅史がゴールを決めた。2002年のワールドカップで、日本はベルギーと引き分けた。日本はロシアに勝利し、ワールドカップ初勝利となった。日本はチュニジアに勝利して、グループステージを突破した。日本は決勝トーナメントで、トルコに敗れた。
森保一はベガルタ仙台に移籍し、仙台に引っ越した。2004年に、森保は現役を引退した。2006年のワールドカップで、日本は1勝2敗でグループステージで敗退し、中田英寿が引退した。2010年のワールドカップで日本は決勝トーナメントに進出したが、パラグアイに敗れた。
2011年、森保一がサンフレッチェ広島の監督に就任してJ1を連覇した。2014年のワールドカップで、日本はグループステージで敗退した。2015年、サンフレッチェ広島が優勝し、森保監督はJ1監督として最多タイの優勝となった。2017年に、森保がオリンピックのサッカー男子日本代表の監督に就任した。2018年のワールドカップ直前にハリルホジッチ監督が解任されて西野朗が監督となり、森保がコーチとして帯同した。日本はグループステージを突破したが、ベルギーに敗れた。森保が日本代表の監督に就任して、アジア2次予選を全勝した。日本はアジア地区最終予選で苦戦したが、ワールドカップ出場を決めた。