レーダー管制所では次々くる飛行機への指示で801便が滑走路の手前で規定より降下していることに気づかなかった。さらに、当時グアムの管制塔は最低安全高度警報システムを使用していなかった。誤った警報アラームが頻発し作業の妨げになることからアメリカ連邦航空局が例外的な判断で意図的に無効にしていたという。滑走路の位置を勘違いしたとみられる機長は降下を続けた。急降下の警告音が鳴るが、滑走路があると思っていたのか副操縦士が着陸を止めるが着陸に入ろうとする機長。事故3秒前、もう一度着陸のやり直しを訴える声に急上昇しようとするが間に合わなかった。午前1時42分26秒（グアム時間）、801便は滑走路5km手前の山に激突した。