棟上げ式が予定されていたのは2016年6月だが、3か月前の3月に杭打ち工事の際に地中からゴミが出てきたとして、その対応をめぐる交渉が始まっていた。交渉には近畿財務局などの国側、籠池夫妻、建設会社などが参加。今回取材に応じたのは藤原工業の社員。ただならぬ空気を感じた社員は交渉の一部を録音していた。4日間約8時間に及ぶ。籠池夫妻は昭恵氏が出席予定だとする棟上げ式への影響を強調し、ごみを理由に訴訟の可能性を口にしながら国に対応を迫っていた。この国有地には3mの深さまで大型のコンクリートや生活ゴミなどが埋まっていることがわかっていた。ごみは約1億3200万円の撤去費用を国が負担して撤去済みだった。しかし、籠池氏は小さなごみが杭打ち工事で出てきたことを問題視し、貸し付けではなく値引き売却を求めた。交渉開始から1カ月後、本省が作成し、今回はじめて開示された文書には、出てきたゴミは隠れた瑕疵となっていた。地下3mよりも深いところから見つかった新たなゴミで国が賠償責任を負うとした。近畿財務局の担当者はストーリーという言葉をつかい交渉を進めていた。ゴミが3mより深い場所にあるかわからないと繰り返し訴える藤原工業だが、国側はゴミはさらに深い場所にないのかと踏み込んでくる。国は撤去費用を約8億1900万円と算出した。棟上げ式が予定されていた2016年6月、国有地は鑑定価格9億5600万円から1億3400万円で売却された。
国会で値引きの妥当性を問われた財務省。地中からごみが出たことは工事関係者から伝えられたとした。藤原工業の社員はこの国の説明が正しいとは思わないとした。完成直前に取りやめとなった小学校の開校。藤原工業は建設費など約16億円の負債を抱えることになった。