愛知県内には山本屋総本家などの老舗のほか、バーや喫茶店などでも味噌煮込みうどんを提供。その数は1800軒以上にのぼる。その中でも県民に人気を誇っているのが名古屋市昭和区にある煮込みうどん専門店「手打 まことや」。味噌煮込みうどんのスープのベースとなるのは赤味噌。この味噌に負けないよう鰹節やムロアジなど4種の魚介から抽出した香り高いだしを味噌にたっぷり投入。さらにみりんと生卵を加え赤味噌の渋みをマイルドに仕上げている。
岡崎市では味噌煮込みうどんに八丁味噌を使用。八丁味噌とは大豆と塩だけの伝統製法で作る赤味噌のことで、熟成期間が長く強いコクが特徴。「めん処 釜正」では老舗「カクキュー」の高級八丁味噌を使用。味噌に合わせる返しにはみりんとざらめを大量投入し八丁味噌特有の酸味や渋みをマイルドにしている。味噌煮込みうどんを注文する際は麺の固さを選ぶことができ、八丁味噌が主役の岡崎市ではやわ麺支持派が多数とのこと。味噌煮込みうどんはもともと山梨県の名産「ほうとう」の影響を強く受けた料理として誕生したが、現在では独自の進化を遂げた味噌煮込みうどんが続々登場。台湾ラーメン風の台湾味噌煮込みやカツを入れたカツ入り味噌煮込みなどがある。