3区のラスト3kmでは佐藤選手と太田選手がデッドヒートを繰り広げ、最後に太田選手がスパートをかけて青山学院大学がトップに繰り上がった。太田選手は区間1位の59分47秒を記録し、日本選手初の1時間切りを達成した。一方駒澤大学は前回大会の4区から続いた首位継続記録が途絶えた。4区では青山学院大学が更に駒澤大学との差を広げていった。