コメダ珈琲店はパン専用の工場を所有しており、職人が1つずつ手作業で作っている。モーニングで人気の山食パンは一般的なパンの倍以上の時間をかけて発酵させることでしっとり・もちもちな生地に仕上がるという。出来上がったパンは水分が抜けるのを防ぐために店内でカットしている。またコメダ珈琲店のモーニングは自分好みにカスタマイズしやすいことも魅力だという。さらにコメダ珈琲店にはコメダグループで使えるチャージ式プリペイドカード「コメカ」もある。
横浜江田店の人気第1位は「ミニサラダ」。モーニングサービスのお得感もあり、健康のために追加注文する人が多いという。ランキングをトップ10まで広げると10個中9個が全店舗の人気メニューと同じメニューがランクインしている。
都心店の蒲田東口店はコメダ珈琲店の横に同じ系列の「おかげ庵」が並んでおり、その日の気分によって選ぶことができる。蒲田東口店は昨年8月にオープンしたばかりで、カウンター席は横浜江田店の10席より多い16席だった。またコメダでは毎年9月26日に店で使用しているものと同じソファとテーブルが当たるキャンペーンを開催している。コメダのソファは全店舗共通で、座面・膝下・背もたれが日本人の体形に合わせた黄金比率になっている。
蒲田東口店の人気第10位は「エビカツパン」。厚みのあるパンでキャベツとエビカツを挟み、特製のサウザンソースが味の決めてだという。また8位に「みそカツパン」、7位に「カツパン」、6位に「あみ焼きチキンホットサンド」が入った。さらにシロノワール・ミニシロノワールがそれぞれ9位と2位と郊外店より順位を上げ、逆に郊外店で1位だったミニサラダは3位に順位を下げた。そして人気第1位は「コメチキ」だった。
コメダ珈琲店は豊富なドリンクメニューも魅力。都心・郊外ともに人気1位の「コメダブレンド」は世界中から厳選した豆を独自の比率で配合しており、まろやかな苦味とコクが特徴だという。また郊外店では定番のドリンクが人気だったが、都心店では「クリームコーヒー」や「クリームソーダ」がランクインしていた。