自民党総裁選の1回目の投票は議員票367、党員票368の合わせて735票で行われた。1回目の投票で1位だったのは高市早苗氏、2位は石破茂氏、3位は小泉進次郎氏。当初の見通しでは40票前後の高市氏の議員票が72票と伝えられると会場にはどよめきが起きた。高市氏が1回目の投票で議員票を伸ばした要因は、安倍派など保守系の議員らを中心に票が集まったため。麻生派は他の候補の推薦人になっていない議員を中心に高市氏の支持に回ることを決めた。過半数に達する候補がいなかったため、上位2人による決選投票にもつれ込んだ。決選投票は議員票367と、都道府県連票47で争われる。石破氏逆転勝利のカギを握ったのが2つの大きな勢力。1つ目は岸田総理が率いていた旧岸田派。総理周辺によると保守政策を訴える高市氏について岸田総理は「総裁にするわけにはいかない」と言っていた。決選投票では石破氏を支持するよう旧岸田派議員に事前に伝えていた。2つ目は菅前総理を後ろ盾とする小泉陣営が石破氏を支持。高市氏を支援したのは麻生派。総裁選前日の26日夜、高市氏が決選投票に進んだ場合、派閥としてまとまって投票することを決定。時事通信によると茂木派の衆院議員も支持したとみられている。高市氏は保守的な主張が強すぎることもマイナスに働いた。安倍派中堅は「2回目の議員票が想定より全然少なかった。210票は取れるということになっていた」と明かした。
久江雅彦は今回の総裁選の票の動きのどこに注目するかを問われ「投票の2日前までは、高市さんも石破さんも30票台と思われていた。他方小泉進次郎さんは最低でも90、できれば100までもっていきたいと思った。民放の世論調査では党員票が高市さんの半分だった。議員票で積まないと2位に入れなかった。投票日の前日くらいから麻生派の一部や安倍派の参議院議員を中心に10数人が乗って、高市さんの議員票を72までもっていった。その時小泉さんが積み上げていた90数票の中から一部が流れている。それでも小泉さんに80票は確保されていたはずだった。当日の朝に10票ほどが石破さんの方へ流れた。この10票で石破さんの2位と小泉さんの3位が入れ替わってた可能性がある」などと答えた。麻生太郎は総裁選の序盤、河野太郎を推すが、派閥を縛り上げるようなことはしないと言っていたが、最終盤には高市に行った。この影響について久江は「当初は石破・小泉の一騎打ちとなればどちらも菅さんのグループが付くため、麻生さんが協力する余地がなかったため試合放棄していた。高市さんが2着になるなら深いつながりがないが、介入の余地があるとした」などとし、高市を推薦する13人が裏金議員だったことの決選投票出の影響については「微妙にあった。しかし石破さんを岸田派や小泉さん、茂木派の参議院議員や二階派などが支えた一方で、高市さんは安倍派、麻生派、衆議院の茂木派に支えられたが、支援が少なかった」などと話した。
27日に自民党新総裁・石破茂氏は人事について「総裁選でともに戦った方をそれぞれ最もふさわしい役職にお願いするのは当然のこと」「派閥はもうなくなった。どの派閥から何人と考えることはしない」と各候補を要職に起用する可能性や派閥の推薦を受けないという考えを示した。最高顧問に麻生太郎氏、副総裁に菅義偉氏、幹事長に森山裕氏、総務会長に鈴木俊一財務大臣、政調会長に小野寺五典元防衛大臣、選対委員長に小泉進次郎氏を起用。党役員人事の3つの選考理由を解説。理由（1）脆弱な党内基盤の強化。党内基盤が脆弱な石破氏としては後ろ盾として菅氏の影響力を得る思惑がある。旧岸田派の小野寺氏を政調会長に起用したのは、石破氏の逆転勝利に貢献した岸田総理や旧岸田派への配慮かと言われる。理由（2）衆院選を意識したシフト。幹事長に起用した森山氏は党役員や閣僚の経験が豊富。過去に選対委員長を務め全国の選挙区情勢に通じ、公明党とのパイプがある。選対委員長に起用した小泉進次郎氏は党の刷新を印象づけることと、高い知名度や発信力をいかす「選挙の顔」としての役割を期待。理由（3）党内融和を演出。総務会長に高市氏を支持したといわれる麻生派から鈴木俊一氏を起用したことについて朝日新聞デジタルは、党の最高意思決定機関である総務会のトップに麻生派を充てることで挙党態勢を演出する狙いがあるとみている。最高顧問に麻生太郎氏を起用。過去には岸信介氏、三木武夫氏、福田赳夫氏といった総理経験者が務めてきた役職だが1994年に慣例を廃止。異例のポストに麻生氏を処遇することで党内融和を図る狙いがあるのではとされている。
今後、党内不和が顕在化してくるのではないかという指摘もある。高市早苗氏に対して石破氏が総務会長への起用を打診も固辞。小林鷹之氏に対して石破氏が広報本部長への起用を打診も辞退。読売新聞は高市氏を支援した保守系議員などが非主流派として反石破の動きに出かねないと伝えている。久江は「菅さんと岸田さんの後ろ盾で、石破さんの党内基盤の弱さを補おうとしている。麻生さんの最高顧問は名誉職として祀り上げてるだけ。麻生さんは義理の弟である鈴木俊一さんに麻生派を継がせたいと考えている。鈴木さんを自民党の中でも激しい論戦が行われる、意思決定の最後の場所である総務会の会長に据えることで、鈴木さんや麻生派を抑え込む狙いがある。高市さんは幹事長以外は受けるつもりはない。旧安倍派の防波堤として幹事長代行に福田達夫さんが据え置かれた。福田さんは小林さんの選挙で中心的な役割を果たした。人事には安倍派の変容が含まれる」などとコメントした。
田中は「石破新総裁が描く人事には2つポイントがある。1つは党内融和。2つ目は次の選挙の顔になるか。党内融和のポイントは、反対勢力をいかに引き寄せられるか。今回の人事のポイントは高市さんと小林さんを引き入れられるかだったが、高市さんは総務会長では、小林さんは広報本部長では受けないということで、石破さんがどういう気持ちで打診したのかが気になる。選挙の顔になるのかというところでは、現岸田政権と比べると見劣りがする。反対勢力が引き入れられなかったのが大きいと思う」、増田は「改めてみると男性ばかり、年齢も上の方ばかり。改めて自民党は変われないと感じた。この後の展開も同じように行くんじゃないかというような気持にならざるを得ない。女性の政治家が育っていないことも痛感する」などとコメントした。
石破新内閣の顔ぶれについて。総裁選を争った林芳正官房長官（旧岸田派）を留任させる。外務大臣のポストに、総裁選で石破陣営の選対本部長を務めた岩屋毅元防衛大臣を起用するほか、防衛大臣には過去にも防衛大臣を務めた中谷元氏を起用するなど、国防族の議員が多いことが特徴。久江は「石破新総裁がパッと決めたのは2人。総務大臣の村上誠一郎さんは、盟友として入れた。中谷元さんは石破新総裁の親友」と解説。総裁選に出馬した中で上川陽子氏、茂木敏充氏、河野太郎氏の名前は挙がっていない。久江雅彦は「茂木さんについては、同じ茂木派だったが袂を分かつ形になった加藤勝信氏が財務大臣、小渕優子氏が組織本部長となっている。なおかつ参議院の茂木派にいた青木一彦さんを参議院の官房長官ということで官邸に入る。ある意味、分断的な要素がある。河野さんも重用はしていないけども、河野さんの推薦人だった人も、少なくとも3人いる」などと説明した。