今回、開示された文書には番号が3つ以上連続してない部分が複数あることがわかった。番号が連続してない部分には共通点がある。文書が作成されたとみられる時期はいずれも政治と接点があった時期と重なっている。46～49番は籠池氏が近畿財務局に対して、昭恵氏との3ショット写真を提示した時期。168～171番は鳩山邦夫元総務相の秘書が近畿財務局を訪問した時期。303～305番は昭恵氏付きの職員から財務省に問い合わせがあった時期。問い合わせに対し、財務省は検察に提出した資料から意図的に隠していることはない、欠落していると指摘を受けているものについては現在確認を行っているとした。情報公開に詳しい専門家は、政治家側か働きかけを受けた際の文書を検察に提出していなかったのではないか、問題がないというなら情報公開を徹底することがそれを証明することになると指摘。国有地を長期間貸し付けるという特例的な取引について、財務省は誰がどのように進めてきたのか明確な説明はしていない。