Winnyでの情報漏洩拡大は止まらずついには原発情報までもがネットに流出した。そんな中金子勇は裁判に向けて決意に東京大学の大学院特任助手を退職。また姉とはWinnyに関するやりとりあがったために保釈の条件で姉とも連絡がとれなくなったという。そして逮捕されて4ヶ月後に2004年の9月に第一審がスタートした。弁護団はいかにWinnyが革新的な技術であるか、決して犯罪目的で開発したわけではないということ、警察の捜査や取り調べに不当性があることを積極的に訴えた。また法定では実際裁判中に金子がプログラミングを披露していかにその技術がすごいかをプレゼンした。ただまっすぐ少年のようにプログラムをいじる姿を裁判でみてもらい、犯罪を犯すようなひとではないということをアピールした。しかしその一方で世の中ではWinnyによってウイルスが広まってしまい、日本は最悪の状態になりほぼ毎日大企業や国家の情報が大流出していた。また公式ダウンロードサイトは閉鎖したものの既存の利用者などがWinnyをさらにダウンロードできるようにしたために、こうした事件が明るみになってもダウンロードをする人も大勢いたという。そしてこうなってしまった背景にはWinnyが抱えていた最大の弱点があった。それはデータに一度世にだしてしまうと回収ができない。管理者がいないフリーソフトだったことやウイルス感染を予期していなかったためにここまでの被害に及んだ。そのウイルス対策を問われた金子勇は答えに「5秒あれば作れる。」と答えたという。
しかし金子はその時Winnyをアップデートすれば再逮捕されてしまう状態。その時に放った言葉は「自分の作ったプログラムが変な方向に行くのを望むプログラマーがいるか？」だったという。このもどかしい状態に歯がゆさを感じていたが世の中ではさらにWinnyの問題は大きくなっていく。そして当時官房長官だった安倍晋三は、最も確実な対策はWinnyを使わないことだと伝えた。裁判は判決が下る前の最後の陳述の時間へ。金子は裁判官に向かって「科学技術は素晴らしいと信じていて、新しい技術を生んで表出だしていくことが技術者の自己表現であり、社会への貢献。」と語ったという。裁判がスタートして2年3ヶ月が経過。しかし判決は有罪となった。罰金は150万円となり、この判決に世の中の意見も真っ二つに。しかしその後控訴を行い、弁護団は海外ではこうしたサービスを次々と生んでいるが日本はこのままでいいのか？とアピール。狩野はこの出来事が違った展開を迎えていればWinnyがYou Tubeになっていたかもしれないと語った。
裁判の開始から5年が経過した2009年、金子は逆転無罪判決となったがその用した時間は7年半にも及ぶ。日本はその間ストップしてしまっていたという。この7年半に世界では海外発の新技術が続々と誕生し日本は一気に遅れをとってしまった。当時世界ではiTunesやYouTube、Facebookなどが生まれていた。またWinnyのようなP2Pのシステムを使ったデジタル技術にはLINEやSkypeなどがある。その後東大に復帰した金子勇は研究者として技術開発を行うと意気込んでいたがその半年後に急性心筋梗塞で死去し日本はその天才さえも失ってしまった。狩野はもし逮捕や裁判がなかれば日本が発展するような後継者が生まれていたかもしれないと語った。そしてその教訓から学べることには日本は技術の危険性ばかり目を向けいたが世界は技術の可能性を育てたとした。そして最後に2011年12月に無罪判決となった金子勇の記者会見がおこなわれ、その時の発言を紹介した。