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今年3月、アメリカ軍普天間基地の移設工事が行われている名護市辺野古の沖合いで、研修旅行中の同志社国際高校の生徒たちを乗せた2隻の船が転覆して17歳の女子生徒と71歳の男性船長が死亡し生徒など14人がけがをした。事故を受けて文部科学省は、基地反対の抗議船に生徒たちを乗せたことなどは極めて不適切で、高校の教育内容が政治的中立性を定めた教育基本法に違反してすると判断し学校側に改善を求める指導通知を行った。これについて玉城知事は、「どのような見解で判断したかも含め文部科学省の判断は踏み込みすぎと考えている」と語った。