イスラエルの先制攻撃を受け、日本時間午前3時頃にイランの報復攻撃が始まった。イスラエルに向け100発以上の弾道ミサイルを発射したとイランの国営テレビが報じた。エルサレムやテルアビブでは空襲警報が鳴り響き、市民は防空壕などに避難するよう呼びかけられた。少なくとも9発のミサイルが迎撃されずに着弾し、1人が死亡、69人が負傷した。イスラエルの先制攻撃では、首都のテヘラン州で78人が死亡、329人が負傷した。イスラエルは200機以上の空軍機が作戦に参加し、イラン全土の100以上の標的を攻撃したと発表した。ナタンズにあるイラン最大のウラン濃縮施設でも黒煙が上がる様子が確認されている。また、この攻撃によりイラン軍のトップ・バゲリ参謀総長や革命防衛隊のトップ・サラミ司令官が死亡した。他にも核開発に携わってきたトップクラスの科学者らが死亡した。