世界遺産には負の側面を持つものも存在し通称「負の遺産」と呼ばれている。マーシャル諸島共和国の北部にあるビキニ環礁は第二次世界大戦後アメリカの核実験場で人類が核の時代に入った象徴として世界遺産に登録されている。立ち入りが厳重に管理されており特別に許可をもらい撮影すると沈んでいたのは実験で沈められていた戦艦「長門」。長門は逆さまの状態で沈んでいるが主砲も残されていた。ビキニ環礁では水爆実験も行われており残されているクレーターはその名残。その爆心地から160kmの海上で航海をしていた「第五福竜丸」も被爆した。
核にまつわる世界遺産は日本にも。「広島平和記念公園（原爆ドーム）」は人類史上初めて戦争で核兵器が使われた悲劇を現在も伝えている。ポーランドにある「アウシュヴィッツ＝ビルケナウ強制収容所」はナチス・ドイツによって110万人以上のユダヤ人が虐殺され現在、人類史上最悪とも言われる犯罪として世界遺産に登録されている。負の遺産は過ちを繰り返さないシンボルとなっておりユネスコ憲章の前文には「戦争は人の心の中で生まれるものであるから人の心の中に平和の砦を築かなければならない」と記されている。人類のもう一つの負の側面が「奴隷制度」。セネガルのゴレ島は15～19世紀まで奴隷を積み出す港だった。海岸には奴隷商お人の館があり奴隷貿易の象徴として世界遺産に登録されている。