平成11年2月18日、野生のメダカ開発や河川の汚染でが絶滅危惧種に指定された。メダカは昔から水田や用水路でよく見かける身近な魚だった。しかし、農地改良でコンクリートの護岸が増えたこと、農薬やの影響、メダカの卵や稚魚を食べる外来魚が増えたことなどで減少を続けていた。当時の環境庁が調査をしたところ、北海道を除く国内でメダカの生息が確認できた地域がわずか13%だったため絶滅危惧種に指定し、全国の自治体に保護を呼びかけた。各地で保護活動が始まったが他地域のメダカを放流すると遺伝子が混ざる交雑が進んでしまうため、地域ごとの保有種を大事に育てる取り組みも始まった。