3月～4月にかけて3回行われた政府備蓄米の競争入札でJA全農は全体の約95％にあたる29万6195tを落札。5日時点で卸売業者に落札分の約49％、14万4595tを出荷した。一方で、先月下旬に随意契約した備蓄米は契約から数日で店頭に並んでおり、スピード感の違いも指摘されている。JA全農は意図的に遅延させている事実は一切ないとして、取引先の依頼に応じて出荷を進めていると説明した（時事通信）。また、コメの流通をめぐっては農家の間でJA離れと指摘される状況がある。JAは生産者から販売委託されたコメを卸売業者や小売業者を通じて消費者に安定供給することと、生産者の所得の向上を目指している。民間の卸企業に直売するケースもある。千葉県の農家Aさんは今年の秋収穫分のコメ60kgを売る場合、JAは2万円台を提示するが、民間の卸企業は最高3万円台後半を提示する。長期的なコメの確保を見据え、複数年の契約を求める業者もいた。（朝日新聞）。JA全農の2024年産コメ集荷量は約179万tで前年より15％減った。（農業協同組合新聞）。農林水産省によると、農家がJAを介さずにコメを直接販売するケースも増えている。新世紀JA研究会常任幹事・福間莞爾は「今回のコメ問題は政府の需給計画の見直しが問題。農協はこういう時に悪者になるが、そんなことは全然ない。JAが約9割落札したが、生産者価格を下支えしたいということでやったと思う。卸との契約は全部終わっていると聞いた。卸の都合で引き取りに来ていないだけ。人気の銘柄米はそれなりのニーズがあるので、全部の価格が一緒に落ちるとは考えにくい」などと解説した。元衆議院議員・杉村太蔵は「競争入札で95％落札するということは価格で勝っている。これをやっているとなかなかコメの価格が下がらないのは当たり前」などとコメントした。
農協の前身となるのが戦時下の1943年に発足した「農業会」。国家統制の代行機関としてコメの配給など食料統制を担った。敗戦後の1945年、GHQによる農地改革があり、地主の農地を国が強制的に買い上げ小作農に分配したことによって小規模農家が急増した。1947年に農協法が制定され、共通の目的を持つ人々が相互扶助を行う協同組合として現在の農協の基礎になった。当時の農協は「農業会」の資産や事業が受け継がれ、戦後の食糧難のなかで国の食料統制の代行機関として機能した。1954年までは政府が決めた価格でコメを買い上げていたが、農協は米価の引き上げ運動を展開した。1970年前後、コメの過剰生産で政府が減反政策に転換すると、減反に反対しながらも国と農家の間で調整力を発揮した。その後、農協は政権与党と「米価と票を取引」していくと指摘されるようになり、農協と農林族議員、官僚のトライアングルで農政を動かしていった。1992年、農協は日本の農業協同組合の略の「JA」を愛称に使用することになり、去年の組合員数は正組合員が389万人、准組合員が630万人、計1019万人に及ぶ。
JAは金融や保険に関する事業も行っている。農林水産省によると、2022年度のJA1組合あたりの部門別損益は貯金の受け入れや営農資金の貸出などの信用事業が4億3900万円の黒字。生命保険や損害保険など共済事業が2億1000万円の黒字。農産品の販売や農業資材の共同購入など経済事業は2億6200万円の赤字。新世紀JA研究会常任幹事・福間莞爾は「信用や共済で収益源があるから農家の方に返している。ただ、信用、共済依存型経営からの脱却をずっと言い続けてきている」などと解説した。萩谷は「組織が巨大化すると無駄なところも出てくるし、時代に合わせて改革していかないといけないが、今の日本の農業の状況を考えるとJAが金融をやっていることは必要性があると思う」などとコメントした。