備蓄米の流通では様々な問題がある。随意契約による備蓄米は大手スーパーやコンビニ店など全国に広がっているが、小規模の小売店からは備蓄米が届かないとの声もあり、国が手配する物流の遅れなどが課題となっている。小泉進次郎農林水産大臣は「国交省のチームと日々連携をとりながら解消し、課題があれば埋めていく努力をする」などと述べた。4月までに放出された競争入札による備蓄米は、農水省によると小売り、中食、外食事業者への流通量が20.4%にとどまっている。入札米の約95%を落札したJA全農の山野徹会長は「全農が備蓄米の供給を渋っていることはまったくない」と説明。