ジャンボ機は事故の29分前、着陸に向けて降下を始めていた。その頃、グアムの消防署では雨で結露するのを防ぐため消防車のタイヤを外していた。事故20分前、ここでようやく機長は天気情報を確認したと思われる。打ち合わせになかった進路をとり、積乱雲を避けて高度を下げていった。視界が悪くなり、目視から計器データに頼る操縦になっていく。さらに進入角度のナビ・グライドスロープが使えない状況。機長は高度を段階的に下げていくステップダウン方式を試みるが、このことを他のクルーに伝えていなかった。高度を下げ水平飛行していると使えないはずのグライドスロープの電波をキャッチ。管制官はグライドスロープが使えないことを伝えたが、コックピットは滑走路に関しての返事しかしなかった。