省庁別審査で内閣府や総務省などの予算措置について、質疑が行われた。立憲民主党・城井崇氏は「政府基金に積み過ぎている金額は国庫に返納すべき。政策財源として物価高対策に充ててほしい」とし、これに対し平行政改革相は「より精度の高い事業見込みを算定し不断の点検を行うことが重要」とした。日本維新の会・黒田征樹氏は地方創生に関連する交付金が従来の倍の2000億円盛り込まれていることを巡り「規模ありきで無条件に2000億円とならないよう求めたい」とし、これに対し伊東地方創生相は「足りなかったという話も一方である。うまくいっている事業も全国各地で生じている。効果的な評価や事業の効率化がなされるよう取り組みたい」とした。当初予算案が国会で与野党の協議により修正される国会修正を経て成立したのは過去に4例しかない。このうち、当初予算案の総額が変わったのは2例。いずれも少数与党の状況で、野党側の主張を受け入れて減額された。これまでに国会修正で当初予算案の総額が増額された例はない。今回、野党各党はそれぞれが重視する政策の実現を政府・与党側に求めているが、政府関係者からは「国会修正で大規模な増額修正というのは現実的ではない」といった声が出ている。
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