さらなる問題として川勝平太前静岡県知事はリニアのトンネル工事は反対と発言。静岡県で工事する区間は8.9キロ。南アルプスにある標高1500mほどの山の中にある。この時にJR東海が工事すると大井川の水の流れが最大で毎秒2トン減るという試算が出た。その結果に川勝前知事が工事期間だけとはいえ、減るのは問題だとし流れ出た水はすべて戻してほしいと述べた。また環境の問題も懸念され工事を認めて来なかった。JR東海は流れ出る水を大井川に戻すと対策に提案し水の問題は一段落した。しかし土砂についてもどこに処理をするのかという問題で工事がストップしたままだった。こうした工事は県の許可がなければできず、知事にはその権限があるという。しかし現在知事が新しくなり、今の知事はリニア推進派で今後の動向が注目されているという。