働き方改革をめぐっては、医師を巡る残業も課題となる。彩の国東大宮メディカルセンターでは救急の呼び出しなどを受けながら休みなく医師が働く様子が見られ、日勤は午後5時半までとなっているもののその後も入院患者の対応など宿直勤務へと移行していった。空いた時間に食事や仮眠を行い、翌日に勤務が残っている日も存在しているのが現状だと医師は話している。この宿直勤務は原則労働時間としてみなされておらず、病院などが睡眠時間の十分に取れる労働を宿日直許可を労働基準監督署に連絡することで労働時間とみなさないルールが有る。来月からは勤務医の時間外・休日労働の時間が原則年960時間までに規制される中、宿日直許可を取る病院は増加してしまっている。宿日直でも病院で患者と対応する時間は労働時間としてカウントされるものの、この制度で労働時間を960時間までに収めようとしていると院長は話していた。一方で医師の負担を減らすためカルテの代行入力などの業務は研修を受けた他の職種を受けた人へのタスクシフトを進めている。弁護士の荒木優子氏は稼働時間事態を減らさないと働き方改革を達成することは難しいのではないかと指摘し、宿日直許可については判断を厳しくすべきと提案している。