淳と加藤先生がやってきたのは姫路城。姫路城は国宝5城の中でも最大規模の天守を持ち、1993年に日本で始めて世界文化遺産に登録された。助っ人にやってきたのは寺島進さんと平祐奈さん。寺島さんは2018年に高知城の池の水にも参加しておりハクレンを捕獲している。池の水の前に天守に入る。姫路城は侵入を防ぐため様々な仕掛けが施されており、淳が天守について説明した。またARアプリ「姫路城大発見」では16箇所のポイントで実写動画などの解説を見ることができる。姫路の最後の藩主は酒井家で天守には家紋が入った瓦が保管展示されており、お掘りから出てくる可能性が一番高いと説明。
現場に向かおうとすると助っ人の糸井嘉男さんも合流した。依頼人は清元秀泰市長でちょうど明日姫路城クリーン作戦を実施予定で自衛隊が清掃の準備をしているが400年間生物学的調査をしたことがないという。姫路城の内堀は約3kmあり、最大幅34mもありお宝が眠っている可能性もある。水抜きは1週間前に水門を開けて抜いた。水は近くの川へ放流された。作業に参加するのは地元ボランティア40名。
姫路城のお掘りの生物調査スタート。水温が低いためか生物の最初は見つからないが歩いていると波紋が確認され捕まえるとソウギョだった。さらにクサガメも捕獲した。糸井さんが捕獲に苦戦している頃に寺島さんがソウギョを3匹捕獲することに成功していた。
さらに調査を進めているとブラックバスやブルーギルが捕獲された。ここまで在来種の捕獲がなかったが石垣の中から在来種のテナガエビを保護することに成功した。ここまで糸井さんの活躍はなかったがシジミやナマズを発見することに成功した。ナマズは子供で繁殖に成功していると加藤先生は述べた。
生物調査を行っていると軒丸瓦を発見した。菊の模様が入っており天皇家のものとは違い部分的に使う瓦によく使われていると姫路市文化財課の中川さんは話した。さらに調査を続けていると酒井家の家紋が入った瓦を発見し江戸時代のものの可能性があるという。生物調査を終えて外来種は5種類、在来種は3種類確認された。