同時多発テロの犯人たちはボストンでアメリカン航空11便に乗った。テロリストはコクピットに近い位置の席に乗り、乗務員を刺してコクピットに侵入した。この時、さらに2つのハイジャック事件が進行していた。そして午前8時46分にアメリカン航空11便がワールドトレードセンターにぶつかった。ユナイテッド航空175便もコクピットをテロリストに奪われて、1機目の衝突から17分後に衝突した。
アメリカ政府は史上初めて本土の飛行機全てに離陸禁止命令を出した。ただ停止命令の4分前にテロリストが乗ったユナイテッド航空93便が出発していた。機体はペンシルベニア州の野原に墜落することになる。アメリカン航空77便もハイジャックされてペンタゴンに衝突した。
午前9時59分にワールドトレードセンターの南棟が崩壊した。ユナイテッド航空93便も発信してハイジャックされて、その際の乗客のボイスメッセージの一部が伝えられた。乗客の動きによって、ユナイテッド航空93便はハイジャック犯の目的の場所には墜落せずに途中で墜落した。
午前10時28分にワールドトレードセンターの北棟が崩壊した。付近には避難命令が出されて、港に集まった助けを求める人ためにフェリーなど多くの船が救助にあたったという。また午後5時21分にはワールドトレードセンターの第七ビルも崩壊した。炎や瓦礫に阻まれて救出活動は困難を極めた。そこで救助犬が多く投入されて行方不明者を捜索した。翌朝には壁や柱に行方不明者を捜すポスターが貼られていった。ただ日付が変わってからは生存者を見つけることはできなかった。そうした中で27時間生き埋めになっていたジャネル・グズマンが救助された。アメリカ同時多発テロ事件では2977人で、その中には343人の消防隊員も含まれている。
4つのハイジャック機のうち唯一テロリストの目的を阻んだユナイテッド航空93便は、墜落後にボイスレコーダーが発見され、そこには30分間、乗客がテロリストに立ち向かった音声が記録されている。