川勝知事がリニア開通に反対する理由は南アルプスを水源とし静岡県を南北に168km流れる大井川を巡る問題。水源に近い南アルプスで大井川の地価にトンネル工事が計画されているが静岡県側と山梨県側の高低差などにより大井川の水が毎秒2トン減少するという試算が出された。2017年開始予定だった静岡工区の約8.9kmの区間は川勝知事の承認が下りず計画は暗礁に乗り上げた。JR東海は「環境への影響は少なく生息環境は保全される」との報告を示した。しかし川勝知事は猛反発した。リニアのトンネル工事開始の条件としてJR東海に山梨県側から掘り進めた際に県外に流れ出た全ての水を大井川に戻すというものだった。