潜伏キリシタンの歴史の始まりは江戸時代初期に起きた島原・天草一揆だった。厳しい年貢の取り立てとキリスト教徒への弾圧に耐えかね、農民とキリシタンが蜂起し原城跡に立て籠もった。幕府軍の攻撃により、3万人もの農民やキリシタンが犠牲になった。こうした反乱が続くことを恐れた幕府はキリシタンをあぶり出し、徹底的な弾圧を始めた。信仰を捨てないものは長崎の雲仙地獄で拷問された。潜伏の時代は250年にも及んだ。